C3 (Cube X Cursed X Curious) raconte l'histoire de Yachi Haruaki, qui va un beau jour voir sa vie chamboulée, après l'acquisition d'un étrange cube noir. Envoyé par son père actuellement en voyage, ce cube renferme en fait une mystérieuse fille aux cheveux bleus appelée Fear. Elle va lui apprendre qu'elle est victime d'une malédiction. Yachi décide donc de l'aider afin de trouver le moyen de lever le sort, mais ce ne sera non sans mal, en effet il existe d'autres êtres du même genre que Fear qui tenteront de la récupérer.