NHK ni yokoso!, c'est l'histoire d'un reclus de la société, celui-ci s'appelle Tatsuhiro Satō à force de vivre enfermé dans sa chambre il est devenu agoraphobe, Sato est ce que l'on appelle un hikikomori.

Tout commence sur un épisode plutôt glauque, Sato est entrain de sombrer dans la folie seul dans sa chambre, en effet celui-ci est totalement paranoïaque et pense qu'une société secrète dénomé la NHK (Nihon Hikikomori Kyōkai) lui en veut. Ses seules sorties se résume donc aux courses qu'il fait couvert d'un imperméable afin de se cacher des citadins.
Heureusement tout va peu à peu changer à partir du jour où il fera la rencontre d'une jolie jeune fille appelée Misaki Nakahara qui bizarrement ne porte aucun jugement sur sa situation. Elle va même jusqu'à s'intéresser à lui et lui propose de l'aider... Mais notre paranoïaque imagine déjà une conspiration contre lui.