Bad Company nous fait découvrir à travers un One Shot l'enfance du célèbre Great Teacher Onizuka (GTO). Le manga est principalement accès autour de la rencontre des deux meilleurs amis; Onizuka et Ryuji deux lycéens délinquants qui se lieront très vite d'amitié.

Ryuji, après avoir été renvoyé une fois de plus, arrive dans son nouveau collège et désigne rapidement Onizuka comme son ennemi juré.
De nombreuses péripéties vont alors peu à peu lier ces deux personnes malgré leur caractères très différents.