Le manga Gintama nous transporte dans le passé durant l'ère Edo Japonaise, période glorieuse des samouraïs. Mais un événement diverge tout de même de l'histoire telle qu'on la connait, en effet contrairement à nous la terre a été envahie par des extraterrestres appelés Amanto. Cette race moitié humanoïde moitié animal a réussi à vaincre les samouraïs après plusieurs années de guerre sanglante et le port du sabre est maintenant interdit.

Les humains sont donc maintenant occupés par ces êtres aux technologies avancées et le Japon moyenâgeux voit fleurir d'immenses buildings et vaisseaux spatiaux dans le ciel.

C'est dans ce décor qu'évolue le samouraï Gintoki Sakata et son apprenti Shinpachi Shimura, reconverti en homme à tout faire afin de pouvoir payer son loyer.