The civilization blaster nous raconte l'histoire de Mahiro Fuwa et de Yoshino Takigawa, deux amis d'enfance.
Mahiro est orphelin, sa famille est assassiné au début de l'histoire, il n'a alors plus qu'une idée en tête se venger et pour se faire une solution la magie.
Afin de se venger il devra se confronter lui et son ami aux forces qui progressent dans l'ombre. Leurs motivations? Ramener à la vie un arbre magique sacré aux pouvoirs destructeurs afin de s'emparer du monde.
Les deux amis doivent alors combattre ces mystérieux ennemis afin de protéger la terre et cela grâce au pouvoir qui leur a été transmis par la sorcière Hakaze...