Bakuman raconte l'histoire de deux étudiants Ashiro Moritaka et Takagi Akito qui vont tenter de devenir Mangaka en se faisant publier dans le célèbre magazine de prépublication Weekly shonen Jack (Weekly Shonen Jump).

L'histoire commence lors de leur dernière année de collège. Ashiro, l'un des protagoniste est un élève moyen à l'école, mais très doué en dessin. Il a été poussé dans ce domaine depuis son plus jeune âge par son défunt oncle, mangaka à succès. Le modèle qu'il affectionne le plus, lorsqu'il est en classe n'est autre que sa camarade Azuki Miho, pour laquelle il éprouve des sentiments depuis l'école primaire.
Un jour alors que Ashiro rentre chez lui, il se rend compte qu'il a oublié son cahier de dessin en classe. Ne voulant pas que l'un de ses camarades ne découvre les dessins représentant Asuki et qu'il comprenne de ce fait l'amour qu'il éprouve pour elle, il décide d'aller le récupérer. Une fois arrivé en salle de classe, il tombe nez à nez avec Takagi, qui est justement en train de feuilleter son cahier de croquis. Celui-ci propose alors à Ashiro de devenir dessinateur de manga, en échange de son silence. Ce qui permettrai à Takagi de réaliser son rêve en devenant lui même scénariste de manga...

Ashiro n'est pas très emballé par cette idée, Takagi entreprend alors différentes manigances afin de lui forcer la main. Takagi va jusqu'à interroger la meilleure amie d'Azuki afin d'en apprendre plus sur elle, dans le but de toucher la corde sensible d'Ashiro.
Il apprend donc, qu'Azuki rêve de devenir doubleuse d'Anime et va utiliser cette information. Il traine de force Ashiro chez elle, afin de lui annoncer leur envie de devenir Mangaka.

Ashiro se retrouve face à Azuki est lui annonce la nouvelle, devant son enthousiasme, il lui promet qu'ils deviendront célèbres et qu'ils lui réserveront le doublage de leur héroïne dans la version Anime. Azuki est très émue, Ashiro continue dans sa lancé est lui propose alors, une fois leurs rêves réalisés, de se marier. Ashiro a l'impression d'avoir fait la gaffe de sa vie, mais Azuki accepte...