Free! Eternal Summer

Nous sommes de retour au lycée pour une nouvelle année avec Nanase Haruka, Tachibana Makoto, Hazuki Nagisa et Ryugazaki Rei.
Ils se préparent pour les différents tournois avec comme objectif en tête les Nationales. Mais c'est sans compter que le club de natation doit accueillir de nouveaux membres pour que le club ne soit pas dissout. Il s'engage alors un véritable défi pour les quatre membres du club de natation avec Amakata Miho (professeur) et Matsuoka Go (manager) pour attirer de nouveaux membres.
Du côté de Matsuoka Rin, il doit succéder à Mikishiba Seijuro, qui est un troisième année et qui doit partir, au poste de capitaine. A sa grande surprise, arrive Yamazaki Sousuke, un ancien coéquipier de natation datant de la primaire, il rejoint l'équipe de natation du lycée. Rin content de voir débarquer son ami, l'invite à rejoindre le tournoi amical contre le lycée de Haru, avec Nitori Aiichiro et Mikoshiba Momotaro. Ces deux équipes visant les Nationales verront aussi à la fin de l'été, les troisièmes année partir dont Makoto, Haru, Sousuke et Rin.

Avec l'arrivé d'un nouveau ami d'enfance de Makoto et Haru, un secret qui semble peser à Sousuke, les doutes de Nagisa au sujet de la natation et de l'école et les incertitudes pour le choix d'orientation concernant Haru, Makoto, Rin et Sousuke.

Arriveront-ils à atteindre les Nationales? Réaliseront-ils leurs rêves et trouveront-ils un nouvel élan pour l'avenir?